Οι ίδιες γεωλογικές δυνάμεις που σμίλεψαν τις οροσειρές δημιούργησαν σε ολόκληρο το νησί απόκρημνες σπηλιές και απαράμιλλα σε φυσικό μεγαλείο φαράγγια που προκαλούν δέος. Το πιο διάσημο φαράγγι είναι αυτό της Σαμαριάς , το οποίο έχοντας μήκος 16 χιλιόμετρα είναι το μεγαλύτερο και ένα από τα εντυπωσιακότερα της Ευρώπης.

Κάθε χρόνο χιλιάδες τουρίστες το διασχίζουν αφιερώνοντας 6-7 ώρες πεζοπορίας, σε κατηφορικό έδαφος. Άλλα λιγότερο γνωστά φαράγγια είναι η ρεματιά της Ίμπρου που ξεκινάει από το οροπέδιο του Ασκύφου και καταλήγει στο Λιβυκό πέλαγος, το φαράγγι Κοτσυφού και το Κουρταλιώτικο φαράγγι. Τα δυο τελευταία απέχουν μόλις λίγα χιλιόμετρα το ένα από το άλλο και βρίσκονται κοντά στον Πλακιά, στο νομό Ρεθύμνου. Στο δυτικό τμήμα της Κρήτης υπάρχει επίσης το φαράγγι της Αγίας Ειρήνης και στην ανατολική Κρήτη η Κοιλάδα των Νεκρών , που ονομάστηκε έτσι από τους Μινωικούς τάφους που βρέθηκαν στην περιοχή.

Το Φαράγγι της Σαμαριάς είναι το μακρύτερο στην Ευρώπη με συνολικό μήκος 18 χιλιόμετρα. Το πλάτος του φαραγγιού κυμαίνεται από 150 μέτρα στο φαρδύτερο σημείο μέχρι 3 μέτρα στο στενότερο. Έχει κηρυχθεί εθνικός δρυμός για να προστατευτεί η σπάνια χλωρίδα και πανίδα του.

Το περπάτημα μέσα στο φαράγγι χρειάζεται 6 έως 8 ώρες και παρ' όλο που ο δρόμος είναι κατηφορικός, είναι απαραίτητο να έχετε δυνατά και βολικά παπούτσια και κάποια φυσική αντοχή.

Ο δρόμος συνεχίζει από το Ασκύφου κατά μήκος της κοιλάδας για το χωριό της Ίμπρου, 57 χιλιόμετρα στο δρόμο Χανιά - Χώρα Σφακίων , όπου ξεκινάει το Φαράγγι της Ίμπρου.

Το χωριό Αγία Ειρήνη απέχει 43 χιλιόμετρα από τα Χανιά , στο δρόμο Χανιά - Αλικιανός - Αγία Ειρήνη - Σούγια . Η περιοχή διαθέτει ένα όμορφο φαράγγι και μερικές βυζαντινές εκκλησίες.